"Teu remédio é teu alimento, teu alimento é teu remédio", já dizia Hipócrates, o pai da medicina. Uma preocupação permanente na EMS é com a qualidade da alimentação de seus trabalhadores, estudantes, visitantes e amigos. Para tanto, busca-se permanentemente melhorar a estrutura e organização da cozinha e padaria, bem como oferecer um cardápio variado, nutritivo e equilibrado, com frutas, verduras e legumes, sendo os de produção própria, livres de agrotóxicos.

Veja também Projeto Alimentação e Saúde (na aba Projetos) e Curso Atendente de Nutrição (na aba Cursos)

A Escola Milton Santos dispõe de um Horto Medicinal de cerca de 600 m2, parte dele em sistema agroflorestal, com grande variedade de espécies comestíveis e medicinais. O horto é constantemente enriquecido por meio do intercâmbio de sementes e mudas com comunidades da reforma agrária.

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A Escola Milton Santos sempre buscou manter entre seus trabalhadores permanentes pessoas com conhecimento popular e científico sobre o preparo e uso de fitoterápicos como terapia complementar à saúde. As plantas são utilizadas verdes ou secas (desidratadas com uso da irradiação solar, em desidratador construído na própria escola), na forma de chás, tinturas, pomadas ou emplastros.

Entre as terapias complementares de atenção à saúde, também se pratica, além da fitoterapia, a auriculoterpia, a massoterapia e a bioenergia. Periodicamente, as comunidades da reforma agrária organizam cursos de formação em parceria com a Escola Milton Santos, buscando diversificar assim as opções de tratamento e cuidado entre os camponeses, para uma melhor qualidade de vida.