A Escola Milton Santos-EMS realiza a produção agroecológica de hortaliças desde julho de 2002, com o selo de certificação da Rede Ecovida. Também realiza a produção agroecológica de milho, feijão e mandioca (em rotação), de café e frutas em sistema agroflorestal; e sua produção de leite, suínos e aves encontra-se em processo de conversão. Mais de 50% de sua área é de preservação permanente, devido à presença de nascentes e à degradação promovida pelo uso indevido da área anteriormente à concessão.

A produção agroecológica tem uma importância fundamental na EMS: garante uma alimentação de qualidade para os estudantes, moradores permanentes e visitantes; o excedente é comercializado direto ao consumidor, permitindo um diálogo com a sociedade e a geração de renda para manutenção das atividades; permite a articulação entre educação e trabalho, a capacitação técnica, a observação e a experimentação nos cursos técnicos e demais atividades de formação em agroecologia.

​